近日,中科院计算所生物信息学研究组在长非编码RNA(lncRNAs)功能研究中取得新进展,首次利用生物信息学分析方法对小鼠的长非编码RNA进行大规模的功能预测。
目前,很多研究表明哺乳动物中存在非编码RNA,随着二代测序技术的发展,大量的长ncRNAs在人和小鼠中被发现,并可能与许多重要的生物学过程相关(如基因组印记、细胞分化、免疫反应等)。探索lncRNAs的功能已经成为当前的一个研究热点,但是由于实验数据的不足,目前对于lncRNAs的功能研究进展缓慢,因此挖掘lncRNAs可能的功能已成为了生物信息科学家们迫切研究的、具有挑战的问题之一。
在这篇文章中,作者首次重注释Affymetrix小鼠基因组430 2.0芯片平台的探针,得到蛋白编码基因和lncRNA的表达谱数据,并根据这些表达谱数据构建出蛋白编码基因和lncRNAs的双色共表达网络,基于该网络的拓扑结构,利用中心节点(Hub)、网络模块以及基因组共定位的方法对lncRNAs进行大规模的功能预测。共有340个lncRNAs被预测出功能,这些功能主要集开发者_JAVA技巧中在神经元、眼、肌肉发育,神经递质转运以及代谢过程等。
该研究提出的基因芯片探针重注释策略为lncRNAs的功能研究提供了新线索和研究方法。通过基因芯片探针重注释策略重新挖掘已有的基因表达谱信息,得到lncRNAs的表达谱数据,为lncRNAs的研究提供了大量的数据资源;基于此方法对小鼠lncRNAs进行大规模的功能预测,为分子生物学实验提供了重要的线索。
开发者_StackOverflow社区秋水天下 2021-10-06 07:55
RNA在调控基因表达中扮演至关重要的角色已经成为一个清楚的事实。对包括microRNA,siRNA等的非编码RNA的研究更是研究的焦点。
这些领域研究的不断的深入也使我们对基础生命物质有了新的了解、认识。近年来,国内外在非编码RNA方面的研究取得了多项令人瞩目的成就。目前科学家已经掌握了数千个与人类疾病相关的RNA分子。这些发现将为生物学奠定新的基础,有助于开发出新手段来迅速识别与人类疾病相关的基因,并掌握其功能和作用,从而提高诊断和治疗水平。可以看出,不管是在医药上,还是在植物的抗逆性上,或者动物细胞的新陈代谢等方面都能见到非编码RNA的身影,它已经成为生物学研究上的一颗耀眼的“明星”。
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