生物信息还需要云计算提供什么样的功能？？

....对酒当歌 开发者_如何学C 2021-10-25 15:54

快速分析？

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360U3181785375 开发者_运维问答 2021-10-25 15:59

ODPS这个云服务器，除了自己写函数和上传jar文件外。比如我在服务上想跑一个测序数据的tophat，服务器如何进行tophat运算啊？

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莫名被禁言什么鬼 2021-10-25 16:05

事实上，我还没有用到任何云，但是近期可能有需求，也调研了亚马逊和阿里的云，下面说一说我的现实需求。

我研发的多重PCR引物设计的软件mprimer，在常规的多重PCR引物设计中，计算量不存在问题，因为一般不超过10重，即使针对基因组进行特异性分析，使用一个CPU，也会很快出结果。但是如果要设计高通量的多重PCR引物用于二代测序目标区域富集的话，那时间问题就非常严重了。因为，至少在100重以上，100开发者_JAVA百科0重都是比较常见的，如果要针对整个外显子设计引物（10000+），那时间问题就更为严重了，单核我估计得按年计算了，即使使用几十个CPU，也得上月。

所以，高通量的多重PCR引物设计，尤其是针对二代测序目标区域的富集，绝对是一个计算密集型的问题。

当然，程序本身后续还要不断的性能优化，但当前阶段，我对云有一个简单粗暴的需求：核越多越好。

其实，我的程序本身可以提高性能的地方不少，比如，用c语言改写一下核心计算模块；改成map-reduce兼容的模式等等。但是无论如何，对计算资源的需求都是一定的。

不同的问题，对于云的需求肯定不同，就我目前的需求而言，亚马逊的弹性云（计算优化）是比较合适的。

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卢洋 2021-10-25 16:17

华大云计算的项目经理，曾经说过基因数据中心的建设目前遇到的问题，也就是需要云计算去做的事情：

一个是数据的同步，他从一个分支到另外一个分支，他的计算资源可能是在另外一个分支，他的计算可能在深圳，数据怎么同步过去，这是他们遇到最大的关于数据中心的管理问题。第二个是一种自动化的配置，数据中心太多了，管理起来就会非常的麻烦。每个中心会有不同的管理人员，日志怎么同步，这是比较大的问题开发者_如何学JAVA。第三个是数据中心的虚拟化，在整个数据中心的管理过程中，现在走向一个新的趋势，数据中心要进行虚拟化，才更容易管理，更容易把数据更好的利用起来。多个数据中心分支如何做虚拟化，然后做数据的同步。第四个是建设绿色的数据中心，因为规模越大，他的浪费越严重，会给他带来非常大的运营成本的问题，如何能够建设更加绿色的数据中心，真正的能够按需所取，让数据中心整个的投入能够达到最大的投入产出比。

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