建议GATK best practices: https://www.broadinstitute.org ... tices
可以对照着下面几个中文网站看,帮助理解
GATK使用方法详解(原始数据的处理):http://www.plob.org/2014/04/14/7009.html
GATK使用方法详解(实例:对SNP结果进行校正):http://www.plob.org/2014/04/14/7026.html
GATK使用方法详解(实例:对INDEL结果进行校正):http://www.plob.org/2014/04/14/7029.html
GATK使用方法详解(初步分析):http://www.plob.org/2014/04/14/7035.html
GATK使用方法详解(变异检测):http://www.plob.org/2014/04/14/7023.html
注释可以看看annovar,snpeff
刘云鸿 2021-04-02 07:52 开发者_运维技巧
需求不同,实现不同。并没有一套大一统的解决方案。
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