第三代测序成本偏高是什么原因导致的？？

杨剑渝 2021-05-02 16:02

开发者_运维知识库
先纠正一个观点，基于单分子的高通量测序错误率很高。PacBio是最被看好的平台之一，但是测序过程中也会引入大量假的小片段插入或者缺失。
回答题主关于成本的问题。由于实验原理的差别，Illumina每一次测序能产出比其他平台多很多的数据，所以价格低廉。对比PacBio，Illumina相当于用一块CCD拍flowcell上几百万个荧光点的静态照片，PacBio是实时监控单个DNA聚合酶每一次反应，技术难度相差很大。
选择测序平台成本不是唯一的重点。测序时间（包括样本处理和数据分析的）时间，准确度，测序长度，数据量，每次测序成本和平台价格，甚至售后服务都是需要考虑的对象。综合起来，Illumina做的最好，所以现在基本垄断了市场。最主要原因是通量低，二代测序一次几十Gb数据量，三代测序（以pacbio为例）一次仅300Mb，而单次运行的成本基本上在一个量级。所以单碱基成本差了百倍。
如果通量能保证，那错误率高不是问题，每个分子都多测几次总能相互校正过来的，但这个前提是需要牺牲通量。pacbio如果想要将准确率提升到二代测序平台的水品，那么通量将进一步降低至原来的五分之一以下。

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