RNA测序不但可以对基因表达的情况进行整理和归类,也可以对基因表达情况进行比较。在已有的研究中认为,一个物种个体的所有细胞里含有的DNA应该是一模一样的,但是每一种细胞里所表达的RNA都有细微的差异,这些细胞才会具有不同的功能。这也可以解释为什么肿瘤细胞会与机体细胞不同。为了解释这些差别就需要研究这些不同细胞里的RNA,也就是转录组学,这就需要用到RNA测序技术,这是最近兴起的一种新型技术。以往对于RNA研究技术和相关产品非常少,而且实验话费非常昂贵,研究人员只能选择重要和热门的RNA来进行研究。而现在,由于测序技术和相关技术的快速发展,科研人员可以对所有的RNA进行研究,但是获得的研究对象是RNA片段,这就需要通过转录子重建来将RNA测序得到的片段信息与该RNA来源细胞的基因组对应起来。因为人类的基因组比较复杂,科研人员选择的是果蝇和线虫作为研究对象来进行RNA重建。对于其他物种,大多数只是刚刚完成了基因组的测序工作,并没有时间来完善基因组序列,这些物种的重建工作会更加困难。
RNA测序本身并不复杂,但是需要分辨出噪音信号和开发出新的低差错率的算法,更低的差错率能够提高比对工作的准确性,现在一些测序仪已经易化了转路子重建工作。甚至不需要进行转录子重建。
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