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请教miRNA测序数据比对到参考基因组上是60%左右，但是比对到miRBase数据库上只有7% 这是怎么回事呢？？

开发者 https://www.devze.com 2023-02-15 15:32 出处：网络作者：运维问答

_CFT01****70229 2021-06-24 12:57 有以下可能性：1. 比对所用的参考基因组和所测物种不是同一个物种，同源性不够好，倒闭比对的mapping比率不高； 2. 测到的序列不全是miR开发者_Go百科NA，有其他RNA序列污染，

相关专题：基因组序数比对

_CFT01****70229 2021-06-24 12:57

有以下可能性：1. 比对所用的参考基因组和所测物种不是同一个物种，同源性不够好，倒闭比对的mapping比率不高； 2. 测到的序列不全是miR开发者_Go百科NA，有其他RNA序列污染，比如断裂mRNA，因此与miRBase数据库比对比率滴；3. 测序样本有污染，所测样本与所分析物种不是同一个；4. 所用miRBase数据库版本太低，没有收录入全部已知miRNA，据我所知，miRBase数据库近两年更新比较多，而且更新增加的miRNA数据量也不少，如果用了旧版本，是可能发现比对率太低的。